办公室：负责党务、人事、工青妇、计划生育及离退休事务的日常管理等。
展陈部：负责全年展览计划制定并做好推出或引进展览的统筹策划、可行性分析、专家论证、洽谈、落实；负责陈列展览的内容和形式设计以及其他方面的形象设计等。
宣教服务部：负责观众接待、导览与讲解；利用新闻媒介和网络开展形式多样的对外宣传；负责网站的改版、内容审核管理等。
藏品管理部（挂文物科技保护中心牌子）：负责库房藏品管理，履行藏品的接收、登账、编目、建档、出入库职责；每天对库房及展厅文物的保存环境进行检查记录，发现问题及时协调解决等。
安保部：负责建立、健全和完善各项消防及安全保卫制度并予以落实；负责保安队伍的管理，做好文物库房、展厅、开放区域、办公区域以及建筑等的安全保卫和防火工作；负责观众的公共安全等。
考古部：负责全市博物馆、文物管理所业务指导；协助文物局指导、监督全市文物保护、管理工作，依法对全市各级文物保护单位的日常保护与管理进行指导督查；负责全市基本建设工程的文物抢救和保护等。
技术物业部：负责通信网络、计算机、内部局域网的管理与维护；负责本馆虚拟场景的制作、发布等。
福建会馆管理部（挂烟台民俗博物馆牌子）：负责会馆的安全、消防；负责对内对外展览、观众接待、导览讲解、物业管理；负责民俗博物馆的开放和管理等。
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